بیماری خودایمنی واکنش سیستم ایمنی بدن به سلول‌های خودی است.سیستم ایمنی بدن در مقابل عوامل مضر خارجی مانند میکروب، انگل و ... از بدن محافظت می‌کند، اما گاهی بر اثر وجود اختلالات در سیستم ایمنی، اجزایی از بدن یا سلول‌های بدن را بیگانه تلقی می‌کند و در مقابل آن واکنش نشان می‌دهد.

زمانی‌ که قسمتی از سلول بدن با قسمتی از یک میکروب یا ماده خارجی مشابهت پیدا کند، سیستم ایمنی شروع به واکنش علیه آن می‌کند. بیماری خودایمنی انواع بسیار گسترده‌ای دارد و ممکن است هر نقطه از بدن مانند تیروئید، مغز، پوست و ... را درگیر کند.

ارث و سابقه فامیلی درصد احتمال ابتلای افراد به بیماری خودایمنی را افزایش می‌دهد، اما به این معنا نیست که هر کسی که اعضای خانواده‌اش به این بیماری مبتلا شده او هم قطعا دچار این بیماری شود.

تاکنون علت خاص و شناخته شده‌ای برای ایجاد بیماری خودایمنی شناخته نشده است و میزان ابتلای افراد بالغ به بیماری خودایمنی بسیار بیشتر از کودکان است و در گروه سنی کودکان کمتر دیده می‌شود.

نقش استرس به عنوان یک عامل مستقیم در ایجاد بیماری خود ایمنی ثابت نشده، اما به عنوان یک عامل غیرمستقیم و تاثیرگذار در ایجاد بیماری‌های زمینه‌ای شناخته شده است.